Esquema de un microscopio confocal.

Lo que se muestra es un esquema de un microscopio confocal de luz láser azul de un fotón. Este permite ver volúmenes del orden de los femtolitros, y puede visualizar fenómenos del orden de los microsegundos. Por medio del método de Espectroscopia de Correlación Fluorescente o Fluorecence Correlation Spectroscopy en inglés.
La luz proveniente del láser es expandida por el conjunto de lentes L1 y L2, tras pasar un espejo dicroico (DM) los haces de luz convergen a un objetivo de apertura numérica (NA) grande, es decir NA mayor que 0,9. Esta es focalizada en una muestra con sustancia fluorescente. En realidad, es un cono que corresponde al primer disco de Airy de la Point Spread Function (PSF1) del emisor conocido como pinhole en inglés. Luego ocurre un escáterin plástico de fotones que causan que la luz emitida por las partículas fluorescentes sea en una longitud de onda mayor; en este caso el verde. Vuelve a pasar estos fotones por el objetivo, la región útil o confocalizada corresponde a una elipsoide gausiana (de color verde como se ve en al figura). Los haces de luz verde son desviados en DM y son focalizados por la lente TL, donde previamente pasan por un flitro F, a una apertura confocal P, que colima o elije el primer disco de Airy de la PSF del detector (PSF2). Luego los fotones son capturados por un detector por un fotodetector multiplicador, DET. Por lo que la PSF de equipo es el producto de convolución entre la PSF1 y la PSF2.

Cabe destacar que las lectoras de CD, DVD y BluRay usan el mismo principio de colimación confocal, pero como es escáterin elástico de fotones, la longitud de onda de los fotones emitidos es la misma que los detectados.